As linhas de pesquisa principais do Laboratório de Processos Biológicos são:
- Desenvolvimento a análise de reatores biológicos
- Dinâmica da formação e estrutura de biofilmes anaeróbios
- Estudo de sistemas combinados anaeróbios / aeróbios
- Aplicação do conceito de biorrefinaria a estações de tratamento de águas residuárias
- Biodegradação de micropoluentes